Pada peringkat awalnya Arkib Negara Cawangan Negeri dikenali sebagai :

1. Arkib Negara Zon Selatan yang terletak di Johor Bahru. Ditubuhkan pada 1 Mei 1967 sebagai Arkib Negeri Johor, kemudiannya diserahkan kepada kerajaan persekutuan pada tahun 1972 dan dikenali sebagai Arkib Negara Zon Selatan. Institusi Arkib Negara Cawangan negeri yang pertama ini bertanggungjawab kepada negeri Johor dan Melaka.
   
   
2. Arkib Negara Zon Timur ditubuhkan pada 14 April 1978 yang berpejabat di Kuala Terengganu. Arkib ini bertanggungjawab ke atas tiga buah negeri iaitu Pahang, Terengganu dan Kelantan.
   
   
3. Arkib Negara Zon Utara yang berpejabat di Alor Setar pula ditubuhkan pada 1 Mac 1979, dan bertanggungjawab ke atas tiga buah negeri iaitu Kedah, Perlis dan Pulau Pinang.
   
   
4. Arkib Negara Cawangan Sabah ditubuhkan pada 1 Februari 1977, berpejabat di Kota Kinabalu.
   
   
5. Arkib Negara Cawangan Sarawak ditubuhkan pada 1 Julai 1967, berpejabat di Kuching.
   
   

Apabila fungsi dan tanggungjawab Arkib Negara peringkat negeri berkembang, maka bermulalah penubuhan Arkib Negara Cawangan-cawangan Negeri pada tahun 1988, di mana tertubuhnya Arkib Negara Cawangan Kelantan dan Pulau Pinang. Seterusnya Arkib Negara Cawangan Perak pada 1 Oktober 1993 dan diikuti dengan Arkib Negara Cawangan Melaka pada tahun 2004.

Dari segi strukturnya, Arkib Negara Cawangan Negeri adalah dibawah penyeliaan Timbalan Ketua Pengarah. Setiap Cawangan Negeri dianggotai sekurang-kurangnya 8 orang kakitangan yang terdiri daripada Pegawai Arkib, Penolong Pegawai Arkib, Pembantu Arkib, Pembantu Pemuliharaan, Penolong Tadbir dan Pekerja Am Rendah.